С началом войны германские ВВС активно применяли FW-58 на всех фронтах в качестве связных, санитарных, легких транспортных самолетов и тактических разведчиков. В октябре 1942-го командование люфтваффе, учтя положительный советский опыт боевого применения легких самолетов, сформировало на восточном фронте вспомогательные бомбардировочные эскадрильи. Наряду с устаревшими бипланами туда вошли и более «серьезные» самолеты, в том числе и FW-58. Они совершали ночные налеты на северном и центральном участках фронта. А в составе 4-го воздушного флота, действовавшего на южном направлении, «Вайхе» применялись авиационными «зондеркомандами» для борьбы с партизанами в Карпатах и на Балканах. Кроме того, один FW-58С использовался, как вспомогательный ночной истребитель в составе эскадрильи ПВО, базировавшейся в Виттстоке и Доссе, а с марта 1945 г. - в группе NJG 5 в Фюрстенвальде.
Вооружение самолета состояло из курсового пулемета MG17 и пушки MG151/20, установленной почти вертикально позади пилотской кабины (подобно многоствольным установкам «Джаз» на тяжелых истребителях). В носу размещался радиолокатор «Лихтенштейн» С1. По некоторым сведениям, капитан Гельмут Контер сумел одержать на этом самолете 5 воздушных побед.
В 1944-м несколько FW 58 из подразделения ЕКdo 40 применялись для борьбы с насекомыми-вредителями.
На фото и рисунках были "Луни" турецких и бразильских ВВС:)